A causa delle malattie e dello sfinimento fisico, Francesco passò i suoi ultimi anni in grandi sofferenze. Tuttavia, mantenne sempre un'attitudine di serenità, speranza e fiducia in Dio. 

Morì il 3 ottobre 1226 alla Porziuncola, vicino ad Assisi, circondato dai suoi fratelli. I francescani chiamano questo momento "transito", perché lo considerano il passaggio definitivo verso la vita eterna.