Quando Francesco arrivò nella città di Gubbio, trovò i suoi abitanti pieni di paura per la presenza di un lupo feroce che attaccava sia gli animali che le persone. Il terrore era così grande che nessuno osava uscire dalla città senza essere armato. Mosso dalla compassione verso gli abitanti e confidando pienamente in Dio, Francesco decise di andare incontro alla belva. 

Accompagnato da alcuni fratelli, si diresse verso il luogo dove si trovava il lupo. Quando l'animale corse verso di lui mostrando i denti, Francesco fece su di esso il segno della croce e gli parlò con serenità, chiamandolo "fratello lupo". Secondo i Fioretti, il lupo si fermò immediatamente e ascoltò le parole del santo. Francesco gli spiegò che i suoi attacchi avevano causato molta sofferenza e gli propose di fare la pace con gli abitanti della città. 

Il lupo accettò simbolicamente l'accordo posando una delle sue zampe nella mano di Francesco. Gli abitanti promisero quindi di nutrirlo e prendersene cura, mentre l'animale cessò di attaccare persone e animali. Per anni convisse pacificamente con gli abitanti di Gubbio. Al di là del carattere leggendario del racconto, questa storia trasmette un insegnamento centrale della spiritualità francescana: la pace, il dialogo e il rispetto possono vincere la paura, la violenza e l'inimicizia.